微生物实验室是用于微生物学、生物医学、生物化学、动物实验、基因重组以及生物制品等研究使用的实验室，它是由主实功能验室与其他实验室及辅助功能用房组成。在建设生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长期而安全地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。
微生物实验室主要检测项目：
按其检测对象的危险程度分为常规菌、致命菌、病毒、益生菌、寄生虫检测等；
常规菌检测通常又包括：菌落总数、 大肠杆菌、大肠菌群等；
致病菌包括：沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌等
注意事项：微生物实验室布局图时要注意满足“单方向工作流程”，避免交叉感染，布置合理的通风系统，防止危害人身健康。
微生物实验室建设流程
前期规划微生物实验室布局时，进行实地考察，由经验丰富的专业员工进行专业规划。并由专业暖通设计洁净区域的通风、空调系统。另外微生物实验室建设完成，由实验室评审专家、设计师、现场项目经理等组成验收组按照微生物实验室建设规范进行验收。
微生物实验室组成:
微生物实验室组成一般包括：准备室、洗涤室、灭菌室、无菌室等。微生物实验根据工作领域(食品、药品、医疗等)和性质(教学、生产、研究、检测等)的不同，实验室组成和规模有很大差别。
1.准备室
准备室用于配制培养基和样品处理等。室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、实验台、电炉、冰箱和上下水道、电源等。
2.洗涤室
洗涤室用于洗刷器皿等。由于使用过的器皿已被微生物污染，有时还会存在病原微生物。因此，在条件允许的情况下，最好设置洗涤室。室内应备有加热器、蒸锅，洗刷器皿用的盆、桶等，还应有各种瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
3.灭菌室
灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备及设施。
4.无菌室
无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。在微生物中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在许多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种工作产生干扰。
