PCR实验室设计常用于转基因食品检测、食品药品监督所、疾控中心等实验场所。PCR实验室设计的分区通常包括试剂配置区、样品处理区、核酸扩增区、产物分析区，这四个重要区间可以是分散形式，也可以是组合形式；根据不同的实验工艺需求，还可增加样品粉碎过程，或对区域进行适当合并。
PCR实验室建设通常分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。
1、试剂准备区：
用于试验试剂的准备。该区域为正压，目的是防止污染物质溢入。该区域内部又可分为3个区域：普通提取试剂的准备区、PCR试剂准备区和PCR主反应液准备区。在普通提取试剂的准备区内准备一些样品核酸提取时所需的裂解液、提取液等；PCR试剂准备区用于PCR试剂的制备和保存。例如准备引物、探针等PCR试剂。为了防止交叉污染，避免反复冷冻和解冻，试剂存贮溶液应该被平均为小的工作体积，储存在这个房间以备后用：PCR主反应液准备区将进行主反应混合液(除了样品。所有PCR所需试剂的混合)添加到PCR管的操作。重要提示：不能将其它房间的材料(包括扩增、模板和目标核酸或阳性对照、供应品、或设备)带进试剂准备区。
2、样品准备区：
该区域无压力设置要求。该区域是用于对样品进行分样，将样品进行研磨、粉碎、匀浆的区域。由于在这些粉碎、研磨和匀浆处理过程中会产生气溶胶，因此，存在阳性样品污染后续操作的可能性。该区域与后面的区域应严格隔离，应放在与后面的三个区域隔开的独立的房间中。在样品准备区内还可设立一个专用的封闭区或房间用于样品的接收和储存。这个房间可以放置冰箱用于样品储存，应该和样品准备区其它区域隔离开。样品准备区域的人员不得进入试剂准备区。
3、核酸提取区：
核酸提取区是进行样品核酸提取的区域。该区域为负压，目的是防止核酸溢出造成污染。样品准备区又包括从样品中进行核酸提取和纯化的区域以及将核酸加到包含PCR主反应混合液管中的操作区域。添加完样品后，PCR管的盖子要尽可能快地盖好。使用PCR板和胶盖时，阳性对照和含目标序列的样品要与待测样本分开操作，以避免模板添加时造成交叉污染重要提示：这个房间里的一切物品不得带人试剂准备区。
4、扩增和产品检测区：
该区域主要是用来进行PCR扩增和PCR分析。PER仪放置在这个区域。房间保持负压，目的是防止核酸溢出。在该区域人员一定要一直穿戴工作服和手套，在离开房间前脱去，防止扩增子污染其它地点。所有用于扩增和产品检测的设备要指定用于这个房间。PCR分析]二作也设置在该区域，例如：酶切、测序、克隆等，但实验室应尽可能把这些活动分隔在不同区域或不同房间。以降低扩增产物的污染风险。如果没有条件在该区域设立负压，此区域必须建立排风装置。
